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菌丝无色透明，细胞长度不一，46～400 μm，平均217 μm，宽6～18 μm，平均10 μm，被隔膜分隔为多细胞菌丝，不断分枝蔓延，互相交织形成疏松网状菌丝体。
细胞壁厚薄不一，含有多个核，无孢脐，贮藏许多养分，呈休眠状态，可抵抗干旱、低温等不良环境，待到适宜条件下，在细胞壁较薄的地方突起，形成芽管，由此产生的菌丝可发育成正常子实体。 由菌盖、菌柄、菌褶、外膜、菌托等构成。外膜：又称包被、脚包，顶部灰黑色或灰白色，往下渐淡，基部白色，未成熟子实体被包裹其间，随着子实体增大，外膜遗留在菌柄基部而成菌托。
菌柄：中生，顶部和菌盖相接，基部与菌托相连，圆柱形，直径0.8～1.5 cm，长3～8 cm，充分伸长时可达8 cm以上。
菌盖：着生在菌柄之上，张开前钟形，展开后伞形，最后呈碟状，直径5～12 cm，大者达21 cm；鼠灰色，中央色较深，四周渐浅，具有放射状暗色纤毛，有时具有凸起三角形鳞片。
菌褶：位于菌盖腹面，由280～450个长短不一的片状菌褶相间地呈辐射状排列，与菌柄离生，每片菌褶由3层组织构成，最内层是菌髓，为松软斜生细胞，其间有相当大的胞隙；中间层是子实基层，菌丝细胞密集面膨胀；外层是子实层，由菌丝尖端细胞形成狭长侧丝，或膨大而成棒形担孢子及隔胞。子实体未充分成熟时，菌褶白色，成熟过程中渐渐变为粉红色，最后呈深褐色。
担孢子：卵形，长7～9 μm，宽5～6 μm，最外层为外壁，内层为周壁，与担子梗相连处为孢脐，是担孢子萌芽时吸收水分的孔点。初期颜色透明淡**，最后为红褐色。一个直径5～11 cm的菌伞可散落5亿～48亿个孢子。
食用菌的繁殖方式有无性繁殖和有性繁殖。
(一)无性繁殖
无性繁殖是食用菌繁殖的基本方式，即不经过两性细胞的配合，就能产生新的个体。它的特点是能反复进行，产生个体多。大多数食用菌的无性繁殖是通过无性孢子如节孢子、芽孢子、厚垣孢子等来实现的。这些孢于萌发后能形成新的个体。具体方式有:
1、节孢子(粉孢子)是一种薄壁的无性孢子， 通常由菌丝断裂而成，呈短枝状，每段可长成一个新个体。银耳菌丝体(不论单核菌丝或双核菌丝)，受到不良环境条件(如热、浸水、搅动等)的刺激会断裂成节孢子，待环境条件适宜，节孢子萌发成菌丝。
2、厚垣孢子是一种细胞质密集， 四周细胞壁增厚的休眠细胞，常形成于菌丝细胞间。如草菇菌丝在老熟时形成的红色物即厚垣孢子堆。当条件适宜时，厚垣孢子又萌发为菌丝体。
3、分生孢子由菌丝的一部分转变成分生孢子梗，由分生孢子梗生出的孢子叫分生孢子。如毛柄金钱菌的菌丝体能断裂成单细胞的分生孢子。分生孢子在适宜条件下又能萌发成单核菌丝或双核菌丝。
4、芽生孢子(芽孢子)是从一个细胞以出芽 方式形成的无性孢子，又称酵母状分生孢子。如银耳的单核菌丝或双核菌丝均可产生芽孢子，芽孢子在一定条件下又能萌发成单核菌丝或双核菌丝。
(二)有性繁殖
食用菌的有性繁殖是经过不同性别细胞配合后产生一-定形态的有性孢子来实现的。主要经过质配、核配和减数分裂三个阶段。质配是两个细胞的细胞质发生融合的现象;核配是将两个单倍体核融合为一-个双倍体的合子核;诚数分裂把合子核的染色体减半，又重新产生四个单倍体核。
食用菌是通过形成有性的子囊孢子和担孢子来实现其有性生殖的。
1、子囊孢子的形成子囊孢子是子囊菌的主要特征，发生在子囊细胞内。子囊细胞是由双核细胞的钩状侧枝发育成的。双核菌丝细胞的两个核融合(核配)成为染色体双倍的合子核后，经三次细胞分裂，其中一次为减数分裂，染色体减半，结果在一个子 囊里形成了八个单倍的核，这些核粒外囊细胞质后，就成了八个子囊孢子。
2、担孢子的形成担孢子是担子菌特有的特征，它外生在担子上。担子是由双核菌丝细胞末端(呈棍棒状)发育成的。棍棒状的担子细胞，经核配和二次细胞分裂，其中一次为减数分裂，染色体减半，形成四个单倍体的子核，每个子核分别进入担子上部所出生的四个小梗，之后四个梗就发育成为四个担孢子，当担子内的核进行减数分裂时，性基因发生分离，异宗结合的食用菌，核成两种或两种以上的配合型，由于不同型核分别进入担孢子，就构成了不同性别的担孢子。
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